По версии следствия, при строительстве фортификационных сооружений в документах с его подачи специально завышали стоимость и объёмы работ. Проще говоря, на бумаге строили больше и дороже, чем выходило на самом деле. Разницу, как считают следователи, выводили из бюджета. Кроме того, Зайнуллин мог получать деньги за помощь подрядчикам. Якобы, способствовал заключению контрактов.